Chercheur

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Thémes de Recherche: Virologie et Génétique

• Mémoire de Thèse : 2009
  Titre : Facteurs d’émergence de deux Flavivirus (Zika et Dengue) a potentiel épidémique en Afrique.

• Résumé:
  Les virus Zika (VZIK) et Dengue (VDEN) sont des arbovirus des zones tropicales qui appartiennent à la famille des Flaviviridae, au genre Flavivirus. Ils partagent des caractéristiques similaires du point de vue taxonomique et du cycle de transmission. Le tableau clinique de ces virus varie de la forme asymptomatique ou bénigne (dengue fébrile) pour les VZIK et VDEN, qui peut évoluer vers une des formes sévères (dengue hémorragique ou choc) avec une issue fatale pour le VDEN.
  De 1968 à 2002, une circulation régulière du VZIK est rapportée au Sénégal et en Afrique de l’Ouest. A ce jour une seule étude est disponible sur l’évolution moléculaire du VZIK. C’est ainsi que nous avons exploré les taux de substitution, l’évolution, les dates de divergences et la migration de 37 souches du VZIK d’Afrique de l’Ouest isolées de 1968 à 2002 à partir de séquences partielles et complète du génome viral afin de comprendre son épidémiologie.
  Deux méthodes RT-PCR (classique et temps réel) ont été aussi mises au point du fait du manque de rapidité et de l’interprétation difficile des méthodes actuelles de détection du VZIK. Les performances des méthodes développées ont été évaluées. L’alignement des séquences de l’enveloppe a révélé l’absence du site de glycosylation, Asn-153, conservé chez les flavivirus, pour une souche du Sénégal et une délétion du motif IGHETDE en amont de l’Asn-153 pour une souche de Centrafrique. L’analyse phylogénétique a révélé une répartition spatiotemporelle du VZIK avec deux lignées dont l’une  regroupant des souches anciennes et récentes isolées du VZIK de 1968 à 2002 du Sénégal, de la Côte d’Ivoire, du Burkina Faso et de la Centrafrique et l’autre regroupant des souches du Sénégal de 1998 et de 2001 essentiellement isolées du moustique Aedes dalzieli. L’analyse des génomes partiels et complets a mis en évidence des souches recombinantes du VZIK montrant une co-circulation de plusieurs souches. Le VZIK circulerait en Afrique de l’Ouest il y a environ 325 ans. Le VZIK serait introduit en Côte d’Ivoire à partir du Sénégal. Le moustique Aedes luteocephalus a contribué à la distribution du VZIK aux autres espèces étudiées. Aucune réaction croisée avec les autres flavivirus n’a été observée avec les deux techniques RT-PCR mises au point. Les limites de détection ont été de 7,7 PFU/réaction et 96 copies/réaction respectivement pour la RT-PCR classique et temps réel. Ces techniques, applicables au diagnostic différentiel, permettront d’étendre le panel de virus à tester en cas de suspicion d’arbovirose.
  Au Sénégal et en Afrique, les épidémies de dengue sont rares et la dengue hémorragique est quasi inexistante malgré la circulation du virus et de son vecteur épidémique Aedes aegypti. Afin de comprendre le rôle du moustique dans l’épidémisation du virus de la dengue 2, la variabilité génétique sur la totalité de la protéine E d’une souche selvatique du VDEN - 2 a été suivie par des techniques moléculaires chez des moustiques Aedes aegypti infectés par voie orale (VO) et intrathoracique (IT). Une conservation de la souche selvatique du VDEN-2 au cours du processus d’infection IT a été observée mais elle est différente au niveau du site de glycosylation, l’Asn-153, après son passage expérimental par VO. Cette mutation suggère une pression de sélection au cours du passage du virus par VO chez la population de moustique étudiée.

   Mots clés : Flavivirus, Virus Zika, Virus dengue 2, évolution moléculaire, diagnostic RT-PCR, Aedes aegypti, variabilité moléculaire.

• Mémoire de DEA : 2004
  Titre : Analyse de la variabilite moléculaire de la souche Dengue 2 ArD 140875 chez le moustique Aedes aegypti.
• Résumé:

  La dengue est une maladie virale transmise à l’homme par le moustique. Elle est répartie dans les zones tropicales à travers le monde. Le tableau clinique variable, commence par une  forme asymptomatique ou bénigne (dengue fébrile) qui peut évoluer vers des formes sévères (dengue hémorragique ou choc) avec une issue fatale.
  En Afrique, les épidémies de dengue sont très rares et il y a absence de dengue hémorragique malgré la circulation du virus et la présence de son vecteur épidémique Aedes aegypti. Pour expliquer cette situation plusieurs hypothèses ont été évoquées dont l’une d’elles soutient que les souches épidémiques ou virulentes proviendraient d’une évolution des souches sauvages et que, dans ce processus, le vecteur épidémique Aedes aegypti pourrait jouer un rôle important.
  Afin de comprendre le rôle du moustique dans l’épidémisation du virus de la dengue 2, des moustiques Aedes aegypti ont été infectés par voie orale et intrathoracique.
  La multiplication et la variabilité génétique du virus ont ensuite été suivies respectivement par immunofluorescence et séquençage partiel de la région codante de la protéine  E du virus.
  Les résultats obtenus ont montré un faible taux d’infection lorsque le virus est administré par voie orale (3,3%) tandis qu’un taux relativement élevé (27%) a été obtenu par voie intrathoracique. L’analyse des séquences qui a porté sur 824 paires de bases a révélé peu de variations de la protéine E après les passages par voie orale (99,22 %) et intrathoracique (100 %) du virus chez le moustique. Les variations obtenues auraient un effet sur le pH nécessaire au changement de conformation de la protéine E. La souche est restée selvatique dans notre domaine d’étude. 

•  Mots clés : Virus dengue 2, Aedes aegypti, variabilité moléculaire,séquençage.